Peipsi järv on Euroopa Liidu suurim piiriveekogu. Järv on oluline mageveevaru ning tähtis ka kalavarude, puhkealade, veeteede pärast, samuti on järve ümbrus elupaigaks paljudele loomaliikidele ja rändealaks lindudele.
Möödunud aastakümnetel on järve seisund oluliselt halvenenud: Peipsi Suurjärv vastab viimastel andmetel seisundiklassile „kesine”, kuid Lämmijärv ja Pihkva järv mõlemad seisundiklassile „halb”.
Peipsi järve seisundit mõjutab valgla Eesti ja Venemaa poolel elava ligikaudu 1 miljoni inimese tegevus nii olmes, põllumajanduses, maavarade kaevandamisel, metsade majandamisel kui ka muus majandustegevuses.
Peamiseks probleemiks on järve eutrofeerumine ehk toitainetega, eriti fosfori- ja lämmastikuühenditega rikastumine, mis põhjustab muutusi järve ökosüsteemis, kalavarude vähenemise, vee kvaliteedi halvenemise ning kriitilistel juhtudel sinivetikate vohamise, millest tingitud vetikamürgid ohustavad nii vee-elustikku kui ka suplejate tervist.
Seni on riik Peipsi valgla kaitseks enim investeerinud asulareovete puhastamisse (aastatel 2004–2011 ligikaudu 150 miljonit eurot). Nüüd tuleks mõelda võimalustele, kuidas vähendada põllumajandusest tulenevat koormust. Väetiste kasutamisest tulenev hajureostus moodustab praegu 65–90% järve inimtekkelisest reostuskoormusest. Väetamise piirmäärad ei ole põllumajanduses piisavalt ranged ning puudulik on kontroll nende kasutamise üle. Näiteks ei pea Riigikontroll õigeks olukorda, et paljud tootjad ei järgi veel väetiste kasutamisel hea põllumajandustava soovitusi.
Kuna kaks kolmandikku Peipsi valgalast asub Venemaal, auditeerisid Eesti ja Venemaa kõrgeimad auditiasutused Peipsi järve seisundi parendamist koostöös. Eesti Riigikontroll ja Vene Kontrollikoda rõhutavad ühismemorandumis, et järve seisundi parandamine on võimalik vaid üheskoos. 1997. aastal Peipsi järve kaitseks loodud Eesti-Vene ühiskomisjoni senine edukas koostöö jätkub, seda eelkõige ühiste järve kaitse eesmärkide seadmisel, seire korraldamisel ja andmete vahetamisel. Vajalik on ka ühiselt hinnata, kas rakendatud tegevustel on olnud mõju järve seisundi parandamisele või mitte.